W Hyrule Warriors: Age of Imprisonment bohaterska Princess Zelda znajduje się w samym środku pamiętnej wojny Imprisoning War, która na zawsze zmieniła oblicze królestwa Hyrule. Ta nieznana historia z odległej przeszłości Hyrule ostatecznie doprowadziła do wydarzeń opisanych w grze The Legend of Zelda: Tears of the Kingdom i pozwala graczom odkryć kanoniczne momenty, które wcześniej były jedynie sugerowane w tej grze.
Princess Zelda jednak nie walczy w tej wojnie sama. Znane postacie, takie jak King Rauru i legendarni Sages, walczą u jej boku przeciwko siłom Ganondorfa, a do walki z Demon Kingiem dołączają również nowi bohaterowie – hałaśliwy Korok Calamo i inni.
Gracze mogą opanować unikalny styl walki każdego bohatera, stawiając czoła hordom wrogów. Mogą również połączyć siły z sojusznikami, aby stworzyć potężne Sync Strikes, które odwrócą losy bitwy, oraz strategicznie rozmieszczać urządzenia Zonai wykorzystujące wodę, wiatr i inne efekty, w celu zmiany przebiegu walki i odniesienia zwycięstwa. Stosując cały swój arsenał, gracze mogą wprowadzać niszczycielskie kombinacje ciosów, pokonywać legiony wrogów i obalać potężnych bossów.
Hyrule Warriors: Age of Imprisonment obsługuje lokalną kooperację dla dwóch osób, w której gracze mogą połączyć siły z przyjacielem na podzielonym ekranie jednej konsoli i wspólnie bronić Hyrule. W przypadku dwóch oddzielnych konsol tylko jeden gracz musi posiadać grę, aby połączyć się za pośrednictwem GameShare.
Ponadto można skanować akcesoria amiibo, aby uzyskać nagrody w grze, w tym materiały rzemieślnicze i przydatne przedmioty. Gracze posiadający dane zapisu z gry Hyrule Warriors: Age of Calamity otrzymają również miecz High Guard’s Claymore, a gracze z danymi zapisu z The Legend of Zelda: Tears of the Kingdom otrzymają miecz High Guard’s Sword – oba można odebrać po ukończeniu misji Howling Tempests.